1、申请人向省局政务受理部门提交申请材料。
省局政务受理部门在5个工作日内进行形式审查，符合规定的，发给受理通知书，并将申请材料移交药品化妆品流通监管处;不符合规定的，发给不予受理通知书并一次性书面告知申请人所要补正的全部材料。
2、食品药品监督管理局收到申请材料后，在20个工作日内进行审核、审批，批准的，制作《互联网药品信息服务资格证书》，移交省局政务受理部门;不予批准的，制作《不予行政许可决定书》，移交省局政务受理部门;
3、省局政务受理部门收到材料后，在1个工作日内通知申请人，并发放《互联网药品信息服务资格证书》。
二、申请互联网药品信息许可证并不是所有人都可以申请的，是需要具备一定条件的：
1、依法设立的企业事单位或其它组织;
2、具备开展互联网药品信息服务活动的相关人员、设施及相关制度;
3、2名以上熟悉药品、医疗器械管理法律、法规和药品、医疗器械专业知识，或者依法经资格认定的药学、医疗器械技术人员。
4、具备网上查询、生成订单、电子合同等基本交易服务功能;
5、具有保证网上交易的资料和信息的合法性、真实性的完善管理制度、设施、设备与技术措施;
6、具有执业药师负责网上实时咨询，并有保存完整咨询内容的设施、设备及相关管理制度。